Этим сервисом вы можете проверить совместимость адаптеров, то есть узнать, если ли среди введённых адаптеров пары, индексы которых отличаются меньше, чем на три нуклеотида (это режим проверки). В режиме добавления вы можете узнать, какие адаптеры совместимы с теми, что вы ввели. В форме адаптеры Truseq v1/v2/LT и одноиндексные NEB нужно записывать как ADчисло, Truseq HT как Dчисло, Truseq Small RNA как RPIчисло, Nextera как Nчисло или Sчисло, двухиндексные NEB как iчисло. Список со всеми адаптерами, которые знает сервис, можно посмотреть по ссылке Как альтернатива, можно писать не название адаптера, а непосредственно последовательность индекса (только нужно следить, чтобы длина написанного индекса совпадала с длиной индекса, которую вы выбрали сверху от поля ввода). Пример ввода: BC7 BC2 GGATAT AD1 D703 ATACGA D711 D704 AD22 Режим проверки можно также применять и для двухиндексных прогонов. Можно вводить как название адаптера, так и саму последовательность индекса. В режиме проверки для двухиндексных прогонов Чек будет считать, что две пары индексов совместимы, если в сумме по обоим индексам есть как минимум 3 отличия. Названия адаптеров или последовательности индексов нужно вводить через дефис или табуляцию. Пример ввода для двухиндексных прогонов: i701-i504 i701-i502 i709-i502 AD12-TruUni_Hi4_Nex AD15-TruUni_Hi4_Nex ATGGATCT-TruUni_Hi4_Nex N703-S502 AGCATTTT-S504 N707-GGGTCGCC ATCGGTTT-GAAAGTCA Сообщения об ошибках и советы можете присылать на shelkmike@gmail.com . При создании логотипа я использовал одну из картинок Дюрана . Английскую версию сервиса можно найти по этой ссылкe |
26 сентября 2022 | Check переехал с https://makarich.fbb.msu.ru/shelkmike/services/check/check.html на https://mikeshelk.site/Services/Check/check.html |
4 февраля 2021 | Теперь индексы плашечных китов записываются не как, например, E12, а как NEB_plate_set3_E12. В списке индексов сейчас есть 4 набора плашечных индексов: NEB set 1, NEB set 2, NEB set 3, NEB set 4. Так что пример из прошлого обновления должен теперь выглядеть, например, как: i701-i503 i704-i502 NEB_plate_set4_E12 NEB_plate_set4_A2 N704-S501 |
21 января 2021 | Теперь можно использовать индексы плашечных китов, вроде кита NEB #e6446S/L. В таких китах два индекса имеют одно совместное название, например E12 или A2. Вводить в окно Чека нужно, например: i701-i503 i704-i502 E12 A2 N704-S501 |
14 июля 2020 | Теперь считается, что две пары индексов совместимы, если в сумме по обоим индексам есть как минимум 3 отличия, а не 4. |
26 июня 2020 | Теперь режим проверки Чек работает и для двухиндексных прогонов. Чек будет считать, что две пары индексов совместимы, если в сумме по обоим индексам есть как минимум 4 отличия. См. раздел "Помощь", начиная с фразы "Режим проверки можно также применять и для двухиндексных прогонов." |
1 февраля 2020 | Убрал из раздела "Помощь" список всех китов, индексы которых знает Чек. Их стало так много, что пользователю проще посмотреть здесь. Также, я более не буду писать в обновлениях, когда я добавляю новые киты - ищите киты в списке по приведённой выше ссылке. |
7 декабря 2018 | Добавлены адаптеры Bioo Scientific NextFlex Small RNA-seq kit v3. |
30 октября 2018 | Добавлены адаптеры Lucigen NxSeq AmpFREE Low DNA Library Kit. |
8 августа 2018 | Индекс AD40 (кит E7730) изменён в соответствии с новой версией кита. |
25 июля 2018 | Добавлены NEBNext Multiplex Oligos for Illumina, set 2 (кит e7780). |
18 января 2018 | Добавлена последовательность, которая читается как индекс с TruSeq Universal Adapter. |
4 декабря 2017 | Добавлены адаптеры из "NEBNext E6609" и из "Bioo Scientific NextFlex Rapid Directional qRNA-Seq". Также добавлена возможность писать индексы в виде последовательности, а не по названию адаптера. |
12 октября 2017 | Добавлены одноиндексные адаптеры из "Bioo Scientific NextFlex DNA-Seq". |
17 марта 2017 | Добавлены одноиндексные адаптеры из "NEBNext Multiplex Oligos for Illumina", наборы 3 и 4. Они названы AD17, AD24, AD26 и AD28-48. Индексы наборов 1 и 2 совпадают с индексами Truseq v1/v2/LT. |
10 октября 2016 | Добавлен список обновлений |
2 сентября 2016 | Добавлены адаптеры, которые есть в ките Nextera v1 , но которых нет в Nextera v2 (N708, N709, S501, S504) |